В розыгрыше сезона 2020/21 примут участие 20 команд, они будут поделены на две группы.

Начиная с сезона 2020/21 Молодёжное первенство будет проводиться в новом формате: кроме 16 молодёжных команд клубов РПЛ в нём примут участие 4 команды, которые в прошлом сезоне выступали в Юношеской футбольной лиге.

Группа А: «Арсенал», «Ахмат», «Динамо», «Краснодар», «Ростов», «Ротор», «Сочи», «Спартак», «Тамбов», «Чертаново»

Группа B: Академия им. Коноплева, «Зенит», «Локомотив», «Рубин», «Строгино», УОР №5, «Урал», «Уфа», «Химки», ЦСКА

Первенство пройдёт в два этапа. На первом команды, разделённые на две группы, сыграют каждый с каждым по два матча в группе – дома и на выезде. На втором этапе команды, которые займут места с 1-го по 5-е в своих группах, образуют группу I для определения мест с 1-го по 10-е в итоговой турнирной таблице.

Команды, занявшие места с 6-го по 10-е в своих группах, выйдут во второй этап первенства и образуют группу II для определения мест с 11-го по 20-е. При этом команды, которые выйдут во второй этап из группы А, сыграют только с командами, которые выйдут во второй этап из группы Б. Все очки, набранные на первом этапе, сохранятся и будут учитываться при распределении мест на втором этапе.